Программа CROPSR поможет ускорить генетические открытия в селекции сельхозкультур

Программа CROPSR поможет ускорить генетические открытия в селекции сельхозкультур Биотопливные культуры важны для сокращения выбросов парниковых газов, и новый инструмент, разработанный Центром передовых инноваций в области биоэнергетики и биопродуктов (CABBI), должен ускорить их разработку, а также достижения в области генетического редактирования в целом, сообщает phys.org. 
Геномы сельскохозяйственных культур подбираются поколениями селекционеров для оптимизации конкретных признаков, и до недавнего времени селекционеры ограничивались отбором по естественному разнообразию. Технология редактирования генов CRISPR / Cas9 может изменить это, но программные средства, необходимые для разработки и оценки экспериментов CRISPR, до сих пор основывались на потребностях редактирования геномов млекопитающих, которые не имеют тех же характеристик, что и сложные геномы сельскохозяйственных культур.
CROPSR стал первым программным инструментом с открытым исходным кодом для разработки и оценки последовательностей направляющей РНК (gRNA) в масштабах всего генома для экспериментов CRISPR, созданный учеными CABBI, Исследовательского центра биоэнергетики, финансируемого Министерством энергетики (BRC). Общегеномный подход значительно сокращает время, необходимое для разработки эксперимента CRISPR, уменьшая сложность работы с сельскохозяйственными культурами и ускоряя разработку, оценку и валидацию последовательности gRNA, согласно исследованию.
«CROPSR предоставляет научному сообществу новый способ для проведения экспериментов с CRISPR / Cas9», - сказал разработчик CROPSR Ханс Мюллер Пол, молекулярный биолог. Новое программное обеспечение ускорит открытие и сократит количество неудачных экспериментов.
Ученые создали программное обеспечение, которое снимает ограничения, налагаемые другими пакетами на разработку и оценку последовательностей gRNA, руководств, используемых для определения целевого генетического материала. По словам авторов, модель оценки CROPSR обеспечивает гораздо более точные прогнозы даже в геномах, не относящихся к культурам.
Многие сельскохозяйственные культуры, особенно биоэнергетическое сырье, имеют очень сложные полиплоидные геномы с несколькими наборами хромосом. И некоторые программные средства редактирования генов, основанные на диплоидных геномах (например, у людей), имеют проблемы с особенностями геномов сельскохозяйственных культур.
Иногда для проверки результатов могут потребоваться недели или месяцы. Например, признак может регулироваться набором генов, особенно тем, который связан со стрессом растений, где полезны резервные системы. Ученый может разработать эксперимент, чтобы отключить один ген и не знать о другом, который выполняет ту же функцию. Проблема может быть обнаружена только после того, как растение созреет без какого-либо изменения признака. Это особая проблема с культурами, для выращивания которых требуются особые погодные условия, где пропуск сезона может означать задержку на год проведения эксперимента.
Использование общегеномного подхода позволило ученым адаптировать CROPSR для использования на растениях, устранив встроенные ошибки, обнаруженные в существующих программных средствах. Поскольку они основаны на геномах человека или мыши, где множественные копии генов встречаются реже, эти инструменты наказывают последовательности gRNA.
Но с сельскохозяйственными культурами цель часто состоит в том, чтобы мутировать более чем в одной позиции, чтобы уничтожить все копии гена. Раньше ученым иногда приходилось разрабатывать четыре или пять экспериментов с мутациями, чтобы отключить каждый ген в отдельности, что требовало дополнительного времени и усилий.
CROPSR может генерировать базу данных полезных направляющих РНК CRISPR для всего генома сельскохозяйственных культур. Этот процесс требует больших вычислительных затрат и отнимает много времени - обычно требуется несколько дней, — но исследователям нужно сделать это только один раз, чтобы создать базу данных, которую затем можно использовать для текущих экспериментов.
Таким образом, вместо того, чтобы искать целевой ген через онлайн-базу данных, а затем использовать современные инструменты для разработки отдельных руководств для пяти разных местоположений и проведения нескольких раундов экспериментов, ученые могли бы искать ген в своей собственной базе данных и просматривать все доступные вариации.
CROPSR был разработан с учетом геномов сельскохозяйственных культур, но он применим к любому типу генома.
«CROPSR также основан на генах человека, поскольку доступность данных для генов сельскохозяйственных культур просто еще не существует, - сказал Мюллер Пол, - но мы рассматриваем возможность сотрудничества с другими BRCS, чтобы обеспечить более эффективное предсказание, основанное на биофизике, чтобы помочь смягчить некоторые острые вопросы, вызванные отсутствием данных».
Фото - pexels.com
Дата публикации: 20.02.2022
Источник: agroxxi.ru

Возможно эти новости Вам будет интересно прочитать

Новый завод в Мичигане планирует вывести на рынок калийные удобрения к 2025 году

Новый завод в Мичигане планирует вывести на рынок калийные удобрения к 2025 году

Производство будет вестись по технологии, отличной от традиционной добычи калия Об этом рассказывает Расс Куинн на портале www.dtnpf.com. «В округе Оцеола, расположенного в западно-центральной части штата Мичиган, проживают почти 25 000 человек, многие ...

менили в Ставропольском крае

менили в Ставропольском крае

Биопрепаратами от капустной моли обработали посевы горчицы аграрии Буденновского района Специалистами Буденновского районного отдела филиала ФГБУ «Россельхозцентр» по Ставропольскому краю в ходе обследования посевов горчицы, был обнаружен такой вредитель...

Фунгицидная обработка семян может стимулировать корнеобразование у озимой пшеницы и ячменя

Фунгицидная обработка семян может стимулировать корнеобразование у озимой пшеницы и ячменя

В чем заключаются преимущества сильных корней и как их получить одновременно с защитой растений Об этом рассказала Syngenta, одна из ведущих мировых сельскохозяйственных компаний, специализирующаяся на средствах защиты растений и семенах, в статье на пор...

Российский сорт озимой тритикале Нина показал лучшую урожайность на полях Дзержинского района Калужской области

Российский сорт озимой тритикале Нина показал лучшую урожайность на полях Дзержинского района Калужской области

Директор института КНИПТИ АПК в выступлении на Дне поля Калужской области 2022 подробно рассказал о новых перспективных сортах основных культур российской селекции, возделываемых на полях Калужской области Так, в ООО «Швейцарское молоко» Дзержинского рай...

хограммы

хограммы

Имидаклоприд-индуцированный стресс (гормезис), стимулирующий развитие Т. chilonis, может быть полезен для массового выращивания естественного врага чешуекрылых вредителей Trichogramma chilonis является олигофагом, паразитирующим на яйцеклетках, который, ...

Смесь параквата и хитозана улучшила активность гербицида в моделируемых условиях дождя

Смесь параквата и хитозана улучшила активность гербицида в моделируемых условиях дождя

Внезапные осадки после гербицидной обработки могут смыть пестициды с поверхности растительных тканей, что снижает эффективность препаратов и создают риски для нецелевых организмов и окружающей среды. Исследователи предложили подключить к гербицидам наноча...

йда «Посевная»

йда «Посевная»

В апреле - мае 2022 года в рамках профилактического мероприятия «Посевная» в Курской области специалисты Курского МРО Управления Россельхознадзора по Орловской и Курской областям приняли участие в совместных с сотрудниками ОМВД России по Советскому району...

Против хлопковой совки – трихограмма, от гусениц лугового мотылька - инсектициды

Против хлопковой совки – трихограмма, от гусениц лугового мотылька - инсектициды

В Ставропольском крае составлен план борьбы с особо опасными вредителями культур В Ставропольском крае начался лёт бабочек хлопковой совки. Это опасный вредитель полифаг, способный повреждать до 120 видов культурных и дикорастущих растений.  Лет бабочек...

UPL будет эксклюзивно коммерциализировать французскую технологию биоконтроля в США

UPL будет эксклюзивно коммерциализировать французскую технологию биоконтроля в США

UPL объявляет о стратегическом сотрудничестве с французской Agrauxine, дочерней компанией Lesaffre, специализирующейся на решениях для биологических культур. Эксклюзивная лицензия и соглашение о поставках позволят UPL коммерциализировать новую технологию ...