Программа CROPSR поможет ускорить генетические открытия в селекции сельхозкультур

Программа CROPSR поможет ускорить генетические открытия в селекции сельхозкультур Биотопливные культуры важны для сокращения выбросов парниковых газов, и новый инструмент, разработанный Центром передовых инноваций в области биоэнергетики и биопродуктов (CABBI), должен ускорить их разработку, а также достижения в области генетического редактирования в целом, сообщает phys.org. 
Геномы сельскохозяйственных культур подбираются поколениями селекционеров для оптимизации конкретных признаков, и до недавнего времени селекционеры ограничивались отбором по естественному разнообразию. Технология редактирования генов CRISPR / Cas9 может изменить это, но программные средства, необходимые для разработки и оценки экспериментов CRISPR, до сих пор основывались на потребностях редактирования геномов млекопитающих, которые не имеют тех же характеристик, что и сложные геномы сельскохозяйственных культур.
CROPSR стал первым программным инструментом с открытым исходным кодом для разработки и оценки последовательностей направляющей РНК (gRNA) в масштабах всего генома для экспериментов CRISPR, созданный учеными CABBI, Исследовательского центра биоэнергетики, финансируемого Министерством энергетики (BRC). Общегеномный подход значительно сокращает время, необходимое для разработки эксперимента CRISPR, уменьшая сложность работы с сельскохозяйственными культурами и ускоряя разработку, оценку и валидацию последовательности gRNA, согласно исследованию.
«CROPSR предоставляет научному сообществу новый способ для проведения экспериментов с CRISPR / Cas9», - сказал разработчик CROPSR Ханс Мюллер Пол, молекулярный биолог. Новое программное обеспечение ускорит открытие и сократит количество неудачных экспериментов.
Ученые создали программное обеспечение, которое снимает ограничения, налагаемые другими пакетами на разработку и оценку последовательностей gRNA, руководств, используемых для определения целевого генетического материала. По словам авторов, модель оценки CROPSR обеспечивает гораздо более точные прогнозы даже в геномах, не относящихся к культурам.
Многие сельскохозяйственные культуры, особенно биоэнергетическое сырье, имеют очень сложные полиплоидные геномы с несколькими наборами хромосом. И некоторые программные средства редактирования генов, основанные на диплоидных геномах (например, у людей), имеют проблемы с особенностями геномов сельскохозяйственных культур.
Иногда для проверки результатов могут потребоваться недели или месяцы. Например, признак может регулироваться набором генов, особенно тем, который связан со стрессом растений, где полезны резервные системы. Ученый может разработать эксперимент, чтобы отключить один ген и не знать о другом, который выполняет ту же функцию. Проблема может быть обнаружена только после того, как растение созреет без какого-либо изменения признака. Это особая проблема с культурами, для выращивания которых требуются особые погодные условия, где пропуск сезона может означать задержку на год проведения эксперимента.
Использование общегеномного подхода позволило ученым адаптировать CROPSR для использования на растениях, устранив встроенные ошибки, обнаруженные в существующих программных средствах. Поскольку они основаны на геномах человека или мыши, где множественные копии генов встречаются реже, эти инструменты наказывают последовательности gRNA.
Но с сельскохозяйственными культурами цель часто состоит в том, чтобы мутировать более чем в одной позиции, чтобы уничтожить все копии гена. Раньше ученым иногда приходилось разрабатывать четыре или пять экспериментов с мутациями, чтобы отключить каждый ген в отдельности, что требовало дополнительного времени и усилий.
CROPSR может генерировать базу данных полезных направляющих РНК CRISPR для всего генома сельскохозяйственных культур. Этот процесс требует больших вычислительных затрат и отнимает много времени - обычно требуется несколько дней, — но исследователям нужно сделать это только один раз, чтобы создать базу данных, которую затем можно использовать для текущих экспериментов.
Таким образом, вместо того, чтобы искать целевой ген через онлайн-базу данных, а затем использовать современные инструменты для разработки отдельных руководств для пяти разных местоположений и проведения нескольких раундов экспериментов, ученые могли бы искать ген в своей собственной базе данных и просматривать все доступные вариации.
CROPSR был разработан с учетом геномов сельскохозяйственных культур, но он применим к любому типу генома.
«CROPSR также основан на генах человека, поскольку доступность данных для генов сельскохозяйственных культур просто еще не существует, - сказал Мюллер Пол, - но мы рассматриваем возможность сотрудничества с другими BRCS, чтобы обеспечить более эффективное предсказание, основанное на биофизике, чтобы помочь смягчить некоторые острые вопросы, вызванные отсутствием данных».
Фото - pexels.com
Дата публикации: 20.02.2022
Источник: agroxxi.ru

Возможно эти новости Вам будет интересно прочитать

и удобрений по причинам кризиса

и удобрений по причинам кризиса

Дороговиза минеральных удобрений для аграрной экономики США, становится угрожающей, но монополисты рынка утверждают, что дело не в них. Фермеры придерживаются обратной точки зрения По заверениям представителей американской индустрии удобрений, они изо вс...

Лазерный терминатор против вредителей опробован на гусеницах бабочки капустницы

Лазерный терминатор против вредителей опробован на гусеницах бабочки капустницы

Для более точного удара по вредителю лазерные установки оснастили бинокулярным зрением Группа ученых (Колледж машиностроения и электротехники Хунаньского сельскохозяйственного университета, Исследовательский центр интеллектуального оборудования Пекинской...

UPL будет эксклюзивно коммерциализировать французскую технологию биоконтроля в США

UPL будет эксклюзивно коммерциализировать французскую технологию биоконтроля в США

UPL объявляет о стратегическом сотрудничестве с французской Agrauxine, дочерней компанией Lesaffre, специализирующейся на решениях для биологических культур. Эксклюзивная лицензия и соглашение о поставках позволят UPL коммерциализировать новую технологию ...

Топовые энтомофаги для биозащиты тепличной клубники

Топовые энтомофаги для биозащиты тепличной клубники

Против вредителей земляники садовой в закрытом грунте существует целый ассортимент естественных врагов и запущена новая система мониторинга Консультант компании Biobest Арно Хеллемонс рассказал о последних разработках в сегменте тепличной клубники, пишет...

Апробацию семенных посевов в Ростовской области будут проводить по-новому

Апробацию семенных посевов в Ростовской области будут проводить по-новому

Согласно закону «О семеноводстве» изменилась методика проведения апробации, в связи с чем апробаторы проходят обучение на базе филиала ФГБУ «Россельхозцентр» по Ростовской области Апробация – полевое обследование семенного посева с целью определения сорт...

Жидкая мульча появится на мировом рынке в ближайшей перспективе

Жидкая мульча появится на мировом рынке в ближайшей перспективе

Разработкой инновации, в которой мульчу не укладывают, а распыляют, занимаются ученые в разных странах мира Подробнее про интересную новинку рассказывает Дэвид Эппенбергер в статье на швейцарском агропортале lid.ch. «Мульчирующие пленки являются частью ...

Внекоревые подкормки прописали сибирским озимым специалисты

Внекоревые подкормки прописали сибирским озимым специалисты

Каких питательных элементов не хватает озимой пшенице и ржи после перезимовки В Красноярском крае осенью 2021 года озимые культуры были высеяны на площади 22,2 тыс. га, основной объем из которых пришелся на рожь (65%) и пшеницу (24%). При проведении вес...

Почему картофель любит жидкие листовые удобрения

Почему картофель любит жидкие листовые удобрения

Ответ прост: корневая система картофеля на старте слишком слаба, чтобы дотянуться до разбросанных почвенных гранул, к тому же само растение относительно плохо усваивает почвенные питательные вещества по сравнению с другими культурами Опрыскивание картофе...

 фунгицидов в ЕС к 2030 году кажется утопией

фунгицидов в ЕС к 2030 году кажется утопией

Во время встречи членов Королевской голландской ассоциации патологии растений в Вагенингене несколько производителей рассказали о своих практических дилеммах. Эксперты обсудили возможные решения для борьбы с болезнями растений с меньшим количеством химии,...