Программа CROPSR поможет ускорить генетические открытия в селекции сельхозкультур

Программа CROPSR поможет ускорить генетические открытия в селекции сельхозкультур Биотопливные культуры важны для сокращения выбросов парниковых газов, и новый инструмент, разработанный Центром передовых инноваций в области биоэнергетики и биопродуктов (CABBI), должен ускорить их разработку, а также достижения в области генетического редактирования в целом, сообщает phys.org. 
Геномы сельскохозяйственных культур подбираются поколениями селекционеров для оптимизации конкретных признаков, и до недавнего времени селекционеры ограничивались отбором по естественному разнообразию. Технология редактирования генов CRISPR / Cas9 может изменить это, но программные средства, необходимые для разработки и оценки экспериментов CRISPR, до сих пор основывались на потребностях редактирования геномов млекопитающих, которые не имеют тех же характеристик, что и сложные геномы сельскохозяйственных культур.
CROPSR стал первым программным инструментом с открытым исходным кодом для разработки и оценки последовательностей направляющей РНК (gRNA) в масштабах всего генома для экспериментов CRISPR, созданный учеными CABBI, Исследовательского центра биоэнергетики, финансируемого Министерством энергетики (BRC). Общегеномный подход значительно сокращает время, необходимое для разработки эксперимента CRISPR, уменьшая сложность работы с сельскохозяйственными культурами и ускоряя разработку, оценку и валидацию последовательности gRNA, согласно исследованию.
«CROPSR предоставляет научному сообществу новый способ для проведения экспериментов с CRISPR / Cas9», - сказал разработчик CROPSR Ханс Мюллер Пол, молекулярный биолог. Новое программное обеспечение ускорит открытие и сократит количество неудачных экспериментов.
Ученые создали программное обеспечение, которое снимает ограничения, налагаемые другими пакетами на разработку и оценку последовательностей gRNA, руководств, используемых для определения целевого генетического материала. По словам авторов, модель оценки CROPSR обеспечивает гораздо более точные прогнозы даже в геномах, не относящихся к культурам.
Многие сельскохозяйственные культуры, особенно биоэнергетическое сырье, имеют очень сложные полиплоидные геномы с несколькими наборами хромосом. И некоторые программные средства редактирования генов, основанные на диплоидных геномах (например, у людей), имеют проблемы с особенностями геномов сельскохозяйственных культур.
Иногда для проверки результатов могут потребоваться недели или месяцы. Например, признак может регулироваться набором генов, особенно тем, который связан со стрессом растений, где полезны резервные системы. Ученый может разработать эксперимент, чтобы отключить один ген и не знать о другом, который выполняет ту же функцию. Проблема может быть обнаружена только после того, как растение созреет без какого-либо изменения признака. Это особая проблема с культурами, для выращивания которых требуются особые погодные условия, где пропуск сезона может означать задержку на год проведения эксперимента.
Использование общегеномного подхода позволило ученым адаптировать CROPSR для использования на растениях, устранив встроенные ошибки, обнаруженные в существующих программных средствах. Поскольку они основаны на геномах человека или мыши, где множественные копии генов встречаются реже, эти инструменты наказывают последовательности gRNA.
Но с сельскохозяйственными культурами цель часто состоит в том, чтобы мутировать более чем в одной позиции, чтобы уничтожить все копии гена. Раньше ученым иногда приходилось разрабатывать четыре или пять экспериментов с мутациями, чтобы отключить каждый ген в отдельности, что требовало дополнительного времени и усилий.
CROPSR может генерировать базу данных полезных направляющих РНК CRISPR для всего генома сельскохозяйственных культур. Этот процесс требует больших вычислительных затрат и отнимает много времени - обычно требуется несколько дней, — но исследователям нужно сделать это только один раз, чтобы создать базу данных, которую затем можно использовать для текущих экспериментов.
Таким образом, вместо того, чтобы искать целевой ген через онлайн-базу данных, а затем использовать современные инструменты для разработки отдельных руководств для пяти разных местоположений и проведения нескольких раундов экспериментов, ученые могли бы искать ген в своей собственной базе данных и просматривать все доступные вариации.
CROPSR был разработан с учетом геномов сельскохозяйственных культур, но он применим к любому типу генома.
«CROPSR также основан на генах человека, поскольку доступность данных для генов сельскохозяйственных культур просто еще не существует, - сказал Мюллер Пол, - но мы рассматриваем возможность сотрудничества с другими BRCS, чтобы обеспечить более эффективное предсказание, основанное на биофизике, чтобы помочь смягчить некоторые острые вопросы, вызванные отсутствием данных».
Фото - pexels.com
Дата публикации: 20.02.2022
Источник: agroxxi.ru

Возможно эти новости Вам будет интересно прочитать

Борьба с церкоспорозом свеклы в 2022 году

Борьба с церкоспорозом свеклы в 2022 году

Контроль церкоспориоза свеклы усложняется, поскольку патоген вырабатывает устойчивость к азоксистробину Об этом предупреждают специалисты по защите растений Университета Рутгерса, США, в своей статье, которую цитирует портал www.hortidaily.com. Церкоспо...

апустила рынок органических удобрений в Гане

апустила рынок органических удобрений в Гане

Предприятия Zoomlion Ghana Limited принимают на переработку в органические удобрения все виды отходов Об этом сообщает портал «Новости Ганы» (www.ghanamma.com). «Министр продовольствия и сельского хозяйства Ганы д-р Овусу Африйи Акото выразил удовлетвор...

Метеостанция на участке экономит одно опрыскивание фунгицидами

Метеостанция на участке экономит одно опрыскивание фунгицидами

В Нидерландах искусственный интеллект со специализацией на болезнях растений интегрируется с частными метеостанциями Об этом рассказывает агропортал www.nieuweoogst.nl. «Системы поддержки принятия решений с подсказками от искусственного интеллекта уже н...

Жимолость лучше растет в органической системе: доказано на 60 сортообразцах

Жимолость лучше растет в органической системе: доказано на 60 сортообразцах

Бакчарский питомник поделился опытом по органическому земледелию Союз органического земледелия России провел в ОГУП «Бакчарское» Томской области очный практический семинар по производству органической жимолости. Обучение организовано в рамках Дней жимол...

Удобрения из овсяной и бобовой шелухи начнет производить Канада

Удобрения из овсяной и бобовой шелухи начнет производить Канада

Канадская компания Protein Industries Canada и ее партнеры объявили о планах строительства завода по производству инновационных удобрений стоимостью 19 миллионов долларов в Розтауне, Саскачеван Организаторы проекта планируют отремонтировать существующее ...

ошибку

ошибку

Что надо учитывать при агрохимической прополке сои Полезные агрономические лайфхаки для соеводов предоставил американский эксперт в статье, опубликованной на портале www.agriculture.com. «Когда дело доходит до опрыскивания сорняков, надо знать ключевые ...

Собаки способны мгновенно учуять опасный некрогенный картофельный вирус

Собаки способны мгновенно учуять опасный некрогенный картофельный вирус

На Дне картофельного поля Университета штата Вашингтон эксперты подчеркнули важность здорового семенного материала и диагностики болезней картофеля Вирус Y картофеля встречается во всем мире и имеет большое экономическое значение. Симптомы варьируют от л...

менили в Ставропольском крае

менили в Ставропольском крае

Биопрепаратами от капустной моли обработали посевы горчицы аграрии Буденновского района Специалистами Буденновского районного отдела филиала ФГБУ «Россельхозцентр» по Ставропольскому краю в ходе обследования посевов горчицы, был обнаружен такой вредитель...

аже на сайте привлекли внимание надзорных органов

аже на сайте привлекли внимание надзорных органов

В Саранске при проведении мероприятия без взаимодействия выявлены нарушения правил реализации пакетированных семян и саженцев Специалистами отдела надзора в области карантина растений, качества и безопасности зерна и семеноводства по Республике Мордовия ...